台灣地區河川豐枯流量變化極大，加上河川上、中游常設有水庫或攔水設施，枯水季時，常導致該設施下游流量枯竭，改變原有的河川流水型態及魚類棲地，嚴重破壞生態，此皆因未充分考量河川正常流量（基流量）所造成。環保署表示，行政院國家永續發展委員會「永續發展行動計畫」中，要求各主管機關審核水權之引用水量時，應考量各該河段之環保基流量。另依據開發行為環境影響評估作業準則第38條規定，也要求開發單位興建堰壩、其他攔水設施、水力發電或越域引水者，應將基流量納入評估。所以水資源開發時，應評估維持河川基流量，才能維護河川生態。有效改善河川生態環境，必須水質水量並重，環保署表示，除了污染排放削減改善水質外，環保署特進行基流量探討研究，作為開發行為環境影響評估基流量及河川治理之參考。
河川基流量一般可應用歷史流量法、經驗法、水理法及棲地法進行流量分析及評估其對魚類棲息影響。環保署以上述方法實際分析北部之新店溪、中部之濁水溪、南部之高屏溪、東部之卑南溪四條河川之基流量。並於97年6月18日邀請水資源、農漁業、水質保護、自然生態相關單位及專家進行台灣河川低流量特性分析，探討河川基流量訂定原則。初步建議確保生態機能的河川基流量，應僅考量有攔河堰或攔水壩等人工設施之河川，一般自然的荒溪不納入討論；並建議河川基流量可採用流量3CMS及日流量延時法Q97兩者之低值。環保署表示未來對新開發之河川治理工程案，將建議採上述原則要求，以維持河川基流量。
目前受限水權，以致河川基流量不足，在水利單位未調整水權前，將宣導鼓勵與企業簽署節約用水契約，所節約的用水專作補助基流量，以增加河川基流量，維護生態需求。